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      云序再推RNA修飾重磅新品:m6Am甲基化測序!
      日期:2021年09月03日    來源:
      迄今為止,已有160多種RNA修飾被發現,真核生物中除了最常見的m6A修飾以外,科學家也發現了一種位于真核生物mRNA 5‘帽端的RNA可逆修飾m6Am,即在 m6A 修飾的基礎上,同一個腺苷酸殘基的核糖的 2’ 羥基也被甲基化,產生 2’ 甲氧基結構(2’-O-CH3)。研究發現m6Am修飾在50-80%的哺乳動物中都存在,并在細胞生命過程中通過影響mRNA的蛋白翻譯效率發揮重要作用。
      目前已有多篇m6Am文章在高分期刊進行了報道(如表1),2017年《Nature》上發表了一篇m6Am在5‘端修飾影響mRNA穩定性的文章,說明了m6Am在mRNA修飾在生命過程中的重要作用。但針對m6Am修飾的研究仍有很大空缺,云序基于m6Am在mRNA上帽端修飾的特點開發出了m6Am-exo-seq技術,可高效準確的鑒定m6Am的修飾位點及修飾水平,為想要研究m6Am RNA修飾的客戶提供堅實的技術基礎!


      表1:m6Am修飾已發表文章
      m6Am修飾已發表文章


      m6Am-exo-seq研究技術

      A. 技術原理
      首先將RNA樣品片段化為200nt左右的片段,利用5‘外切酶消化不包括帽子結構的RNA片段,使具有帽子結構的RNA片段富集。然后對富集的RNA片段進行m6A抗體的免疫沉淀反應,從而富集發生m6Am修飾的RNA片段。對IP富集的產物進行PCR擴增及純化,純化后進行文庫質檢,之后上機測序。根據測序結果分析m6Am甲基化富集峰情況。

      B.m6Am-exo-seq流程
      m6Am-exo-seq流程圖
      圖1:m6Am-exo-seq流程圖

      C.m6Am-exo-seq質控
      1. RNA定量質控
      使用 NanoDrop ND-1000 儀(Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA)測量每個樣品 的RNA濃度。以OD260/OD280值作為RNA純度指標。使用變性瓊脂糖凝膠電泳測量 RNA 完整性和 gDNA 污染。

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      2. 文庫2100質控
      通過Agilent生物分析儀對測序文庫進行質控。
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      3. 測序Q30質控
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      4. 測序Read統計
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      D. m6Am甲基化測序數據展示
      1. 甲基化位點識別
      圖片8.png
      chr:甲基化位點(峰)所在的染色體號
      Start:甲基化位點(峰)在基因組上的起始坐標
      End:甲基化位點(峰)在基因組上的終止坐標
      Peak ID:甲基化位點的編號
      Score:甲基化位點的得分
      PeakLenght:甲基化位點的長度
      fold_enrichment:富集倍數
      FDR:甲基化位點的 FDR
      2. 差異甲基化位點識別
      圖片9.png
      chr:甲基化位點(峰)所在的染色體號
      Start:甲基化位點(峰)在基因組上的起始坐標
      End:甲基化位點(峰)在基因組上的終止坐標
      Peak ID:甲基化位點的編號
      Score:甲基化位點的得分
      PeakLenght:甲基化位點的長度
      Foldchange:差異甲基化位點差異倍數
      FDR:甲基化位點的 FDR
      3. 差異甲基化基因GO分析
      top 10顯著富集的GO條目
      top 10顯著富集的GO條目
      4. 差異甲基化基因KEGG分析
      富集的KEGG通路
      富集的KEGG通路

      E.m6Am-exo-seq樣品要求
      RNA: > 30-300 ug
      血漿:> 5 mL
      細胞:> 2 x 107
      組織:> 100 mg
      其他樣品類型咨詢021-64878766當地銷售

      m6Am測序文章解讀

      題目:PCIF1催化m6Am mRNA甲基化調控基因表達
      發表期刊:Molecular Cell
      影響因子:17.97
      文章鏈接:PCIF1 catalyzes m6Am mRNA methylation to regulate gene expression
      mRNA修飾在調控基因表達中起著重要作用。其中m6Am是RNA修飾中一種豐度的修飾類型。本文中作者證明m6Am是由磷酸化的CTD作用因子1(PCIF1)介導的較為保守的mRNA修飾,它催化位于mRNA 5'端的RNA發生m6Am修飾。此外,PCIF1在體外和體內只催化5 端' m6Am的甲基化,而不催化m6A的內部甲基化。為了研究m6Am的生物學作用,作者利用m6Am-exo-seq表現了其轉錄組范圍內的m6Am修飾情況,結果發現m6Am不會改變mRNA的轉錄或穩定性,但會對甲基化mRNA的帽依賴性翻譯產生負面影響。因此本文鑒定了唯一的人類m6Am mRNA甲基轉移酶PCIF1,并證明了PCIF1介導的m6Am mRNA甲基化的基因調控機制。
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      云序生物RNA修飾服務優勢
      優勢一:發表10分以上文章最多的RNA修飾測序服務平臺。云序已累計支持客戶發表53+篇高水平文章,合計影響因子460+分,是國內支持發文最多、累計影響因子最高的公司。
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      優勢四:獨家提供RNA修飾一站式服務:RNA修飾整體水平檢測RNA修飾測序、MeRIP-qPCR驗證、RIPRNA pull-down等。
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      優勢六:國內最全的RNA修飾測序平臺,提供m6A、m6Am、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、ac4C乙酰化和2'-O-甲基化測序。

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