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    單細胞平臺
    單細胞AB-seq測序

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    單細胞內的蛋白質組學研究越來越受到研究者的重視,同時將蛋白組學和基因組學研究結合在一起進行多維度單細胞信息解讀,不僅能夠更好地觀察細胞之間的異質性,同時也能夠更清楚地識別特定細胞及其功能。BD Abseq 與BD RhapsodyTM 高通量單細胞捕獲系統結合使用的方式,能夠使研究人員同時分析數千個單細胞中的 RNA 和蛋白質,完整揭示出生物學系統中基因和蛋白質的作用。
    技術簡介:
    AbSeq是利用特異性抗體核酸偶聯結構,將蛋白表達量轉化為核酸含量,然后通過高通量測序手段檢測蛋白含量。
    技術簡介

    抗體核酸偶聯結構圖


    技術流程:

    BD Rhapsody?融合了 WTA 和 Abseq 兩種單細胞檢測技術,將蛋白組和轉錄組的檢測過程在單細胞水平很好地進行了融合。細胞經過 BD AbSeq Ab-oligos 標記后,通過 BD Rhapsody?  微孔沉降技術捕獲單細胞全轉錄組 mRNA 和 Ab-oligo。然后,利用文庫擴增試劑對同一樣本產生平行的 RNA 和 BD AbSeq 測序文庫。經過高通量測序后獲得 RNA 和蛋白表達的數據,并使用特定分析軟件 SeqGeqTM 進行數據分析。
    實驗流程圖
    實驗流程圖


    技術優勢:

    1)可對同一個樣本,在一次實驗中得到高通量mRNA 和 蛋白表達量數據
    2)蛋白的表達量數據可彌補mRNA中不能檢測到的信息
    3)依據蛋白的表達量數據更加準確可靠的鑒定細胞亞群
    4)目前 BD 公司推出的 Abseq 抗體約有400余種(人和小鼠),可以滿足大部分實驗需求。


    應用方向:

    • 腫瘤異質性  
    • 組織發育機制 
    • 治療干預反應 
    • 生物標志物發現 


    案例解析:

    案例:通過蛋白- RNA單細胞分析發現CD80和CD86作為調節性T細胞的活化標志物
    原文: Discovery of CD80 and CD86 as recent activation markers on regulatory T cells by protein-RNA single-cell analysis
    期刊:Genome Medicine(2020) 影響因子:10.7
    本文用多組學方法在mRNA水平上對397個基因的單細胞表達進行了量化,并使用寡聚偶聯抗體(AbSeq)對43,656個從血液中分離出來的初級CD4+ T細胞和31,907個從血液中分離出來的CD45+細胞以及匹配的十二指腸活檢中的68個蛋白質進行了定量。探討了這種靶向scRNA-seq方法在分析人類免疫細胞群異質性和識別功能性T細胞分化軌跡方面的敏感性。這種多組學方法提供的敏感性識別了CD4+ treg表面的B7分子CD80和CD86的表達,進一步證明了B7表達有潛力識別循環中新近激活的T細胞。本研究中描述的轉錄組和蛋白質組雜交技術提供了一種具有成本效益的解決方案,以極高的分辨率來分析免疫細胞群體的異質性。出乎意料的是,CD80和CD86通常在抗原呈遞細胞上表達,但在一個活化的treg亞群上被檢測到,這表明這些共刺激分子在調節CD4+ T細胞應答的動態中發揮了作用。
    通過蛋白- RNA單細胞分析發現CD80和CD86作為調節性T細胞的活化標志物


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