單細胞免疫組分析可以通過分析決定B細胞受體（BCR）或T細胞受體（TCR）多樣性的互補決定區（CDR區），全面評估免疫系統的多樣性，深入挖掘免疫組庫與疾病的關系。云序生物擁有BD Rhapsody?單細胞免疫組測序平臺。

技術簡介：
將預先制備好的單細胞懸液在Rhapsody平臺上進行單細胞分離捕獲后，進行反轉錄和模板轉換。經過變性、雜交、Klenow擴增，外切酶處理后進行第一輪PCR，之后根據實驗多組學分析需求，分別進行TCR PCR、BCR PCR、Target mRNA PCR、Sample tag PCR和AbSeq PCR。文庫制備完成后，進行測序及后續數據分析。
技術優勢：
1）支持多樣本檢測，提升分析效率，同時降低單樣本分析成本；
2）可以同時進行蛋白質檢測，實現靶向mRNA+蛋白質+VDJ的單細胞多組學研究

應用方向：

免疫組庫在腫瘤研究、移植和免疫重建、自身免疫性疾病、感染性疾病、抗體開發、用藥及疫苗評估等多個方面均有重要的應用價值。

樣本準備：
細胞數目：>1-2x10⁵個；
細胞活率：>80%；
細胞直徑：<30μm；
細胞懸液：細胞懸液中應避免存在細胞成團、細胞碎片或其它雜質等現象。同時避免溶液中殘留核酸、EDTA、Dnase I等可能影響后續實驗的物種。

案例解析：

案例：不同滑膜組織巨噬細胞亞群調節類風濕性關節炎的炎癥和緩解
原文： Distinct synovial tissue macrophage subsets regulate inflammation and remission in rheumatoid arthritis
期刊： Nature Medicine(2020) 影響因子：36.1
類風濕關節炎(RA)無藥物緩解的免疫調節機制尚不清楚。假設認為滑膜組織巨噬細胞(STM)有助于關節穩態。作者使用單細胞轉錄組學對32000名STM進行分析，并在早期RA、治療期RA和緩解期RA患者中確定了表型變化。每個臨床狀態的特征在四個不同的STM亞群中9個離散表型聚集的不同頻率，這些亞群具有不同的穩態。該細胞圖譜，結合滑膜活檢熒光激活細胞分類的深層表型、空間和功能分析，顯示了兩個STM亞群(MerTKposTREM2high和MerTKposLYVE1pos)具有獨特緩解轉錄組特征富集在炎癥的負調控因子。這些STM是炎癥溶解脂質介質的有效生產者，并在體外誘導滑膜成纖維細胞的修復反應。MerTKpos STMs緩解的低比例與停止治療后疾病暴發的風險增加相關。因此，MerTKpos STM亞群的治療調節可能是RA的潛在治療策略。